En l'an 2138, alors que le jeu de rôle en réseau Yggdrasil doit fermé, un joueur, Momonga, reste connecté et se retrouve captif de l'univers du jeu.
En l'an 2138, Yggdrasil, le célèbre jeu de rôle en réseau à succès est sur le point de fermer. Momonga, fondateur d'une guilde réputée, attend l'arrêt du jeu. Cependant, l'heure de la fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et les personnages non jouables se retrouvent peu à peu dotés de conscience et de sentiments.