Alors que Root pense que la Machine est en état de marche, celle-ci perd la notion du temps. John, Finch et lui constituent désormais des menaces potentielles.
La Machine est totalement décompressée et semble à nouveau en état de marche. Root attend qu'elle remette en place ses identités changeantes afin de pouvoir retourner hors de la base du métro. Cependant, la Machine subit quelques bugs, notamment au niveau de la reconnaissance faciale. Avec l'aide de John, il décide d'aller voler 64 processeurs graphiques de nouvelle génération qui, une fois connectés aux PlayStation 3, permettent à la Machine de fonctionner à pleine puissance. Mais l'appareil ne parvient plus à remettre les choses dans leur contexte et perd toute notion du temps. Elle confond le passé et le présent, identifiant Root, Finch et John comme des personnes dangereuses...