Le rayon du "capteur de pouvoir-inator" de Doofenshmirtz ricoche sur la station spatiale de Phineas et Ferb, et frappe certains super héros en plein combat.
Le sort du secteur des Trois Etats et du monde est en jeu lorsque l'Agent P et le duo le plus dynamique de Danville s'associent à quatre des super-héros de Marvel (Iron Man, Hulk, Thor et Spider-Man) pour cette superbe aventure. Le Dr Doofenshmirtz mène ses recherches en vain comme d'habitude, lorsqu'un tir de son Capteur de Pouvoir-Inator rebondit sur la station spatiale de Phinéas et Ferb, touchant Spider-Man, Iron Man, Hulk et Thor. Les enfants doivent restaurer les pouvoirs perdus des super-héros avant qu'un groupe de super méchants ne détruise la planète...