Dans la région de Hoenn, Sacha, Flora et leurs amis continuent leur périple malgré les pièges tendus par la Team Rocket et participent aux plus grands tournois.
Alors qu'ils font route vers Safrania, Sacha et ses amis font la rencontre d'un scientifique un peu loufoque et de son apprenti, dont le Chenipan a ingéré une des nouvelles inventions aux effets inconnus...