Une région aux paysages paradisiaques abrite Mewtow et les clones des Pokémon. Mais leur répit est de courte durée car Giovanni a retrouvé leur trace.
Acceptant mal d'avoir été cloné, Mewtwo s'évade de la résidence de son ancien maître dans le but de créer un endroit sûr où les superclones de Pokémon pourront se retrancher. Il trouve le lieu parfait dans une région éloignée de Jotho. Mais très vite Giovanni retrouve leur trace. Leurs jours sont comptés...