Sacha, Pikachu et leurs deux amis Pierre et Ondine aident les Pokémon en difficulté au gré de leurs déplacements… sous l'œil d'un gardien dans le ciel.
Ce qui commence comme une sieste pour nos héros finit par mal tourner quand la Team Rocket lance un filet sur Sacha et Pikachu ! Sacha parvient à envoyer la Team Rocket vers d'autres cieux, mais Pikachu est envoyé avec eux ! Pikachu et Miaouss se retrouvent alors dans une situation dangereuse et doivent faire équipe pour retrouver leurs amis. Pendant ce temps, Sacha, Ondine et Pierre doivent faire face à un troupeau de Piafabec, une horde de Venipatte, et la tristesse de Sacha qui a perdu son partenaire. Jessie et James sont également tristes d'être séparés de Miaouss, mais heureusement, Sacha retrouve Pikachu, et peu après, Miaouss est recueilli par le ballon de la Team Rocket !