Combattre la Team Rocket et aider les Pokémons en difficulté : voici les missions de Sacha, Pierre et Ondine, accompagnés de nouveaux Pokémons.
Lors de leur visite à la falaise Muraille, Sacha pêche un Venalgue, qui attaque Pikachu avec son poison. Sur leur route, ils rencontrent Eddy et Luce, deux archéologues sous-marins. Ils recherchent Le Cousteau, un luxueux paquebot qui a sombré il y a bien des années. Sacha et Serena leur viennent en aide dans leur mission...