Lincoln a été placé en cellule d'isolement. Pour Michael, il n'est plus question d'imaginer l'évasion sans lui. Or, ses codétenus ne veulent plus attendre.
Lincoln Burrows est confiné en cellule d'isolement, après avoir frappé un gardien. Il ne lui reste que 36 heures à vivre avant son exécution. Michael Scofield est déterminé à annuler l'évasion, mais les autres refusent de renoncer à leur liberté si près du but. De leur côté, Veronica Donovan et Nick Savrinn décident de mobiliser les médias. Avec l'aide de militants opposés à la peine de mort, ils occupent le parvis de Fox River et annoncent publiquement que Lincoln est victime d'une manipulation politique. Pendant ce temps, Michael parvient à sortir Lincoln de sa cellule d'isolement. Son objectif : maintenir l'évasion. Or, un changement de dernière minute bouscule ses plans...