Sept ans après la disparition de Michael Scofield, des indices suggèrent qu'il serait toujours vivant, mais détenu dans une prison au Yémen.
Le jour même de sa sortie de prison, T-Bag reçoit une photo de Michael, dont il n'avait aucune nouvelle depuis sept ans. Il semble que son ami soit toujours vivant, mais emprisonné quelque part au Yémen, ainsi que le laisse supposer une inscription sur la photo, «Ogygia». T-Bag montre immédiatement le cliché à Lincoln, qui informe Sara. Tous se mobilisent pour aider Michael à sortir de sa prison. Lincoln, accompagné par C-Note, se rend a Sanaa, au Yémen, pour repérer les lieux. Les Américains réalisent qu'ils sont suivis, puis des mercenaires les prennent à partie...