À la suite de l'incident survenu en 2116 dans l'Union de l'Asie du Sud-Est (S.E.A.U), Shinya Kôgami a repris son périple loin du Japon.
Quelle est la vérité derrière l'opération Footstamp ? 2112, l'été avant qu'Akane Tsunemori soit affecté à la division 1 des enquêtes criminelles du bureau de la sécurité publique. Teppei Sugo, un pilote accompli des forces spéciales de l'armée japonaise, se joint à l'opération militaire d'Okinawa. Trois mois plus tard, un drone de combat sans pilote ouvre le feu sur le ministère de la Défense à Tokyo. L'agent d'application Tomomi Masaoka de la division 1 du CID est envoyé à la base militaire de Sugo pour enquêter sur la vérité derrière cette affaire.