La biodiversité de Porto Rico a été mise à mal par l'occupation humaine et la déforestation : depuis, la lutte pour la préservation des espèces bat son plein.
Avec ses eaux cristallines et ses forêts verdoyantes, Porto Rico a longtemps été un paradis de biodiversité. Malheureusement, l'occupation humaine et la déforestation ont mené l'île à une crise écologique. Plusieurs espèces ont ainsi failli disparaitre. Aujourd'hui, des zoologistes se consacrent entièrement à la conservation de ces animaux. Ainsi, l'amazone de Porto Rico, un perroquet endémique, fait l'objet d'un programme de conservation très strict. Les responsables ont été jusqu'à créer une «école de vol» afin d'assurer l'apprentissage des jeunes perroquets. Le Lamantin de Caraïbes, dont le nombre a chuté à 700 individus, dispose quant à lui d'un centre de sauvetage et de remise en forme, tandis que la gestion des plages de pondaison de la tortue luth fait l'objet d'une lutte politique.