Lors d'une escale à Brest, un jeune marin séduit hommes et femmes. Il fait des ravages dans les bas-fonds qu'il traverse avec grâce et perversité.
Querelle, un marin, fait escale à Brest. Sa beauté est telle qu'elle fait naître sur son passage le désir aussi bien des hommes que des femmes. Les habitués du plus grand bouge de la ville, tenu par madame Lysiane, sont séduits par le jeune homme. Lysiane elle-même est prête à quitter son mari, Nono, et son amant, Robert, le propre frère de Querelle, pour s'offrir à lui. Mais contre toute attente, c'est Nono qui parvient à posséder le beau marin. Il est vrai que tous deux sont en relations d'affaires, puisque Querelle rapporte d'Asie de l'opium, que Nono aide à écouler. En plein trafic et sur un coup de tête, Querelle assassine un marin et s'arrange pour diriger les soupçons sur un ouvrier du port...
Un livre sulfureux de Genet fournit à l'iconoclaste du cinéma allemand le sujet de son dernier film, stylisé à l'extrême, dérangeant et insolent.