De la préhistoire au futur, en traversant toutes les autres époques, les cinq héros de Mystère & Cie sont à la recherche d'un méchant virus fantôme.
Les cinq amis de Mystère & Cie, à savoir le chien Scooby-Doo, Sammy, son maître particulièrement peureux, Fred, le beau vaniteux, Daphné et enfin Véra, la stratège du groupe, cherchent de toutes leurs forces à retrouver un virus fantôme. Pour ce faire, ils vont entreprendre un voyage à travers le temps...