Après que le gang de Scooby-doo ait traité une affaire et arrêté un homme innocent, ils sont forcés de prendre une retraite anticipée après avoir résolu le crime. Mais cela ne prend pas longtemps avant que leur vieil ami Vincent Van Ghoul ait besoin d'aide et remette immédiatement l'équipe dans l'action. Tout a commencé un été lorsque Scooby-Doo, Sammy et Daphné ont secrètement pourchassé 12 des fantômes les plus fantasmagoriques du monde, mais n'ont pas réussi à attraper le plus diabolique d'entre eux... le 13e fantôme. Avec le 13ème fantôme en fuite, le gang devra regarder au-delà de leurs secrets cachés et régler certaines affaires inachevées.