Scooby-Doo et l'équipe de "Mystère & Cie" traversent les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre des énigmes ancestrales.
Scooby-Doo et Sammy doivent éclaircir le grand mystère des arts martiaux. C'est ainsi que l'équipe de "Mystère & Cie" traverse les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre toute une série d'énigmes ancestrales. Ils doivent aller plus vite que le dangereux Samouraï Noir, entouré de ses soldats fantômes pour trouver le Sabre du Destin, une épée magique qui apporte d'incroyables pouvoirs. Au cours de leur périple, Scooby-Doo et Sammy sont embrigadés par un maître d'armes qui leur apprend le Bushido, le code des principes moraux des samouraïs. Leur enseignement est vite mis à l'épreuve face à une armée de robots ninjas incontrôlables....