Scooby-Doo et ses amis partent sur une île déserte, à la recherche du fantôme d'un terrible pirate. Malheureusement, l'île n'est pas si déserte.
Scooby-Doo et ses amis ont décidé de se séparer pour s'épanouir dans de nouvelles occupations. Mais aucun des membres de la bande n'est vraiment satisfait de son nouvel emploi. Aussi, lorsque Daphné décide de réaliser une émission sur de véritables maisons hantées, le groupe se reforme pour l'aider...