Pour aider à la recherche de fonds de Walter, l'équipe Scorpion accepte une mission bien rémunérée pour la CIA : trouver un avion top secret dans la zone 51.
L'état de santé de Megan se dégrade de jour en jour. Walter est désespéré de ne pouvoir l'aider davantage. Il doit absolument trouver les fonds nécessaires pour faire soigner sa soeur et ainsi lui sauver la vie. Lorsqu'il doit s'absenter, il confie Megan à Sylvester. Walter et l'équipe Scorpion ont en effet accepté une mission très lucrative pour le compte de la CIA. Ils sont chargés de retrouver un avion top secret, mystérieusement disparu dans la zone 51. S'ils parviennent à le localiser, la CIA leur remettra une belle somme d'argent en guise de récompense...