A Green Hills, la période de répit prend brutalement fin pour Sonic lorsque le docteur Robotnik sort de sa tanière avec un plan diabolique en tête.
A Green Hills, les habitants se sont habitués aux frasques de Sonic, un hérisson bleu humanoïde aux allures de superhéros. Après avoir vaincu diverses menaces, Sonic coule des jours heureux et profite des attractions de la ville. Mais le répit se révèle finalement de courte durée : le redoutable docteur Robotnik refait surface avec un plan diabolique en tête, celui de raser l'humanité entière de la surface de la Terre à l'aide d'une mystérieuse émeraude. Pour empêcher la catastrophe, Sonic se lance dans une quête désespérée avec Tails, son fidèle acolyte, en espérant mettre la main sur la précieuse pierre avant le savant fou...
Un film distrayant et spectaculaire, au scénario qui se perd rapidement en cours de route.