A Green Hills, la période de répit prend brutalement fin pour Sonic lorsque le docteur Robotnik sort de sa tanière avec un plan diabolique en tête.
Après avoir vaincu diverses menaces, Sonic, hérisson humanoïde aux allures de superhéros, coule des jours heureux à Green Hills au milieu d'habitants habitués à ses frasques. Mais le répit se révèle finalement de courte durée : un inquiétant savant refait surface avec un plan diabolique en tête...