L'équipage d'un vaisseau intergalactique essaie de comprendre pourquoi des êtres venus de l'espace veulent vaporiser les océans de la Terre.
Un mystérieux cylindre se dirige à grande vitesse vers la Terre. L'engin, encore à distance, envoie une sonde qui vient se positionner en orbite autour de la planète bleue. Spock comprend que le cylindre tente d'entrer en contact avec des baleines à bosse, une espèce disparue au XXIIIe siècle...