Une inspection de routine révèle au docteur McKay qu'une épidémie a frappé la station Atlantis. Celle-ci est immédiatement placée en quarantaine.
Durant une inspection de routine sur Atlantis, un groupe sous le commandement du docteur McKay lance une alerte. En effet, plusieurs membres de l'expédition sont morts d'une rupture d'anévrisme générée par des hallucinations. Mais ces décès ne paraissent pas naturels au docteur, et l'ordre est donné de mettre Atlantis en quarantaine. Isolée, l'équipe de chercheurs de McKay découvre un laboratoire en virologie des Anciens totalement dévasté. Défiant l'autorité du docteur Weir, Sheppard et Teyla partent à la poursuite d'un membre du groupe qui s'est échappé...