Un contingent de militaires arrive sur Atlantis, commandé par le colonel Everett. Cela entraîne des querelles de hiérarchie qui menacent la défense de la cité.
Un contingent militaire supplémentaire est envoyé, depuis la Terre, pour soutenir Atlantis, assiégée par les Wraith. Un combat difficile attend les défenseurs, et le colonel Everett, chef des forces militaires, exige du docteur Weir et de sa flotte une obéissance totale. Un tel abus d'autorité est mal vécu par le contingent d'Atlantis, notamment par le major Sheppard, qu'Everett tient pour responsable de la mort de son supérieur. Les frictions se multiplient entre les différentes autorités, et c'est dans un climat délétère que s'organise la défense de la cité, alors que la menace se fait chaque heure plus pressante...