Tandis que Daniel et le docteur Lee, qui ont réussi à trouver l'artefact, sont pris en otages, Sam, Jacob et Teal'c infiltrent le laboratoire d'Anubis.
Daniel et le docteur Lee ont été enlevés par des guérilleros et sont à la merci de Raphael, leur démoniaque tortionnaire, prêt à utiliser tous les moyens pour qu'ils lui apprennent à manier l'artefact qu'ils ont trouvé. O'Neill et Burke, son coéquipier, sont chargés de les libérer. Pendant ce temps, la capture d'un guerrier d'Anubis permet de localiser sur Tartarus la base laboratoire où le Grand Maître crée son invincible armée. Sam, Jacob et Teal'c infiltrent ce repaire, où ils font une incroyable découverte...