L'utilisation des pierres de communication est suspendue depuis que le colonel Young s'est retrouvé à bord d'un vaisseau alien. Peu après, Chloe est enlevée.
Grâce aux pierres de communication, le colonel Young se prépare à rendre son rapport sur Terre à propos des récents décès sur le Destinée. Mais au cours de la procédure, il se retrouve transporté à bord d'un vaisseau alien. Cet événement inquiétant l'oblige à suspendre temporairement l'utilisation des pierres. Peu de temps après, un vaisseau alien attaque le Destinée et capture Chloe. Young décide alors de réutiliser les pierres afin de retourner sur le vaisseau ennemi pour récupérer Chloe...