Le Destinée, toujours incontrôlable, poursuit sa course dans l'espace : la scientifique Amanda Perry est téléportée à bord pour tenter de sauver la situation.
Malgré tous les calculs du docteur Rush, le Destinée reste incontrôlable et va bientôt quitter la galaxie actuelle. Egalement en perte d'énergie, le vaisseau risque de partir à la dérive, mettant en péril la survie de tout l'équipage. Rush annonce qu'Eli, Chloe et Scott sont perdus. En dernier recours, et grâce aux pierres de communication, la brillante scientifique Amanda Perry est téléportée à bord du Destinée, alors que Camille se retrouve sur la Terre et rend visite à sa femme Sharon. L'arrivée d'Amanda sur le vaisseau ravive de vieux souvenirs chez le docteur Rush...