À la demande d'Alpha, Shadow doit se rendre à la ville sainte de Lindblum. Sous les traits de Cid, il voyage en compagnie de Rose, qui voit en lui l'homme du destin.
Sous ses airs de lycéen sans histoire, Cid Kagenou aspire à diriger une grande organisation secrète. Cependant, un accident de la route l'empêche de réaliser son dessein. Mais à son réveil, il découvre qu'il s'est réincarné dans la peau d'un homme dirigeant Shadow Garden, qui lutte contre le culte de Diabolos. Il se met alors à recruter une équipe afin d'y mettre un terme.