Chandler doit faire face à la duplicité d'Amy Granderson. Il décide de répliquer en ciblant des objectifs stratégiques qui paralyseraient Avocet.
La situation se complique avec Avocet. Des hommes armés prennent le contrôle de l'«USS Nathan James» alors que l'équipe était dispersée à terre. Impuissant, Chandler apprend que tous les marins présents à bord ont été faits prisonniers. C'est alors qu'il capte une tentative de contact audio de la part de Jed Chandler, son père. Immédiatement, le capitaine obtient le soutient de ses hommes encore libres pour localiser sa famille. Mais il faut impérativement récupérer la souche originelle du vaccin et libérer Scott qui est retenue prisonnière. Amy Granderson ordonne de faire saisir tout le matériel médical à bord du navire. Chandler réplique par plusieurs actions de sabotage, avec le soutien inespéré de résistants...