Les Thundercats font confiance à Lion-O en lui donnant une grosse responsabilité. Ils regrettent vite leur choix quand Mumm-Ra et les Mutants s'allient pour les vaincre.
Après avoir échappé à la destruction de leur planète Thundera, les Thundercats — Tygra, Panthro, Cheetara, Wilykit et Wilykat — se retrouvent sur la Troisième Terre. Liono, le nouveau Roi des Thundercats, devra diriger son équipe alors qu'ils tentent de reconstruire leur vie sur cette nouvelle planète. Ils devront faire face à de nombreux ennemis tels que Mumm-Ra, le souverain maléfique de la Troisième Terre, et les mutants, leurs ennemis de longue date.