Les Thundercats ont encore une chance de récupérer leur tanière, mais Lion-O est persuadé qu'ils n'ont pas besoin de lui parce qu'il rate toujours tout. Pendant ce temps, les Mutants s'amusent à terroriser Troisième Terre et Mumm-Ra se construit une nouvelle pyramide autour de la tanière.
Après avoir échappé à la destruction de leur planète Thundera, les Thundercats — Tygra, Panthro, Cheetara, Wilykit et Wilykat — se retrouvent sur la Troisième Terre. Liono, le nouveau Roi des Thundercats, devra diriger son équipe alors qu'ils tentent de reconstruire leur vie sur cette nouvelle planète. Ils devront faire face à de nombreux ennemis tels que Mumm-Ra, le souverain maléfique de la Troisième Terre, et les mutants, leurs ennemis de longue date.