Alex, Sam et Clover sont envoyées par le WOOHP dans un camp d'entraînement. Dean, leur formateur, va les préparer pour la plus difficile mission de leur vie.
Alex, Clover et Sam, trois adolescentes, viennent de s'installer à Beverly Hills. Un combat mené ensemble contre un maki géant les amène à faire connaissance et soude leur amitié. Leur premier jour au lycée débute d'une drôle de manière : capturées par Jerry, celui-ci leur annonce qu'elles font désormais partie du groupe des agents secrets d'élite du WOOHP, le World Office des Opérations Hautement Prioritaires. Devenues les Spies, les adolescentes sont envoyées dans un camp d'entraînement top secret, pour suivre la formation des Super Spies. C'est le beau Dean qui est chargé de les préparer à leurs prochaines missions. La première d'entre elles consiste à retrouver Peppy Garou...
Passage sur grand écran réussi pour les espionnes préférées des adolescentes.