La bande à Scooby est invitée à visiter une île-prison ultra-moderne avant sa fermeture. Ils découvrent qu'elle est hantée par le fantôme de Stealing Stan.
Toute l'équipe se rend à une exposition sur les mystères et fait la connaissance de Jeff, le guide. Alors que Scooby et ses amis apprennent qu'un monstre crocodile nommé Sobek sévit dans le musée, Jeff propose à Fred de prendre sa place afin de montrer à l'équipe ce que c'est d'avoir un chef compétent...