Ethan Burke, un agent fédéral, se réveille à Wayward Pines, petite ville de l'Idaho, après un accident de voiture. Bientôt, tout lui paraît très étrange.
Ethan Burke, un agent fédéral, reprend conscience à Wayward Pines, une petite ville de l'Idaho, après un grave accident de voiture dans lequel un collègue a trouvé la mort. Les deux hommes avaient été chargés de retrouver deux autres agents, portés disparus dans la région. Bientôt, Ethan trouve la ville de Wayward Pines et ses habitants très inquiétants. Il fait la connaissance d'une serveuse, Beverly, qui le conduit jusqu'à une maison abandonnée. Là, gît le corps sans vie d'un des agens disparus. Lorsqu'il tente de quitter la ville, Ethan s'aperçoit que c'est impossible. Il est piégé à Wayward Pines...