Mulder veut récupérer les dossiers détruits lors de l'incendie de son bureau pour prouver l'existence d'extraterrestres et d'une conspiration gouvernementale.
Plusieurs mois après l'incendie du bureau des affaires non classées, Mulder tente de récupérer les dossiers partiellement détruits par le feu. Mais avant de reprendre le travail avec Scully, les deux agents du FBI doivent rendre des comptes à leurs supérieurs hiérarchiques, en particulier au nouveau directeur adjoint AD Kersh. Les dirigeants du bureau fédéral refusent tous de croire à la théorie de Mulder selon laquelle une conspiration gouvernementale cacherait la présence d'extraterrestres sur Terre. A la section des affaires non classées, Mulder et Scully ont été remplacés par les agents Spender et Fowley. Furieux, Mulder part en emportant le dossier confidentiel de Skinner. Apprenant que deux scientifiques ont été retrouvés la poitrine ouverte et éviscérés, il décide, avec Scully, de mener l'enquête...