Scully cherche le moyen de renverser le processus qui a provoqué l'échange d'identité entre Mulder et Morris Fletcher. Mulder en profite pour enquêter.
Pour avoir franchi sans autorisation les limites de la base militaire ultra-secrète de la "Zone 51", Scully écope de deux semaines de suspension. Dans le même temps, Mulder est contraint de jouer le rôle de Fletcher. Il est arrêté par les militaires qui sont à la recherche de l'enregistreur de vol du mystérieux avion qui s'est crashé sur la nationale 375. C'est en fait Scully qui est en possession de cette boîte noire. Elle entend en faire analyser les données. L'appareil s'avère être l'avion-espion Orora, le "seigneur des mouchards", un avion supersonique de reconnaissance. Personne ne sait vraiment comment fonctionne cet appareil. La tâche est difficile pour Scully qui veut rendre à son coéquipier sa véritable identité...