Scully recherche Mulder, qui a mystérieusement disparu. John Doggett, un nouveau coéquipier, se joint à elle pour l'assister dans son enquête.
Depuis que Mulder a disparu, une véritable chasse à l'homme a été organisée pour le retrouver. Scully et Skinner apprennent que c'est John Doggett, un agent spécial du FBI, qui a été chargé de l'enquête. Or, Scully et Doggett sont comme chien et chat : ils ne se supportent que très difficilement, d'autant que Doggett met ouvertement en cause les investigations paranormales et les théories extraterrestres du tandem Scully / Mulder. Tandis que Scully fait des cauchemars dans lesquels son partenaire lui apparaît distinctement, d'étranges phénomènes laissent à penser que Mulder aurait tout simplement prémédité sa propre mort...