Avec l'aide de ses amis, il s'évade de prison et se lance dans la traque d'un homme qui pourrait aider à révéler la vérité sur une conspiration du gouvernement.
Le retour de Mulder le conduit à être jugé pour meurtre devant un tribunal militaire où il cherche à prouver l'existence même d'un complot extraterrestre et à justifier le maintien de X-Files.