Un ancien militaire tente de mettre hors d'état de nuire les mutants qui vivent aux Etats-Unis. Mais certains d'entre eux décident de contrecarrer ses projets.
William Stryker est à la tête d'un mouvement qui veut créer un fichier recensant tous les mutants des Etats-Unis. Son seul obstacle, le professeur Xavier et son école, qui abrite le quartier général des X-Men. Pour Stryker, il n'y a qu'une possibilité : ils doivent être mis hors d'état de nuire...