Deux puissants mutants, que tout oppose, acceptent de retrouver leurs congénères pour le service du gouvernement. Mais bientôt, les deux amis s'affrontent.
Au début des années 60 à Oxford, Charles Xavier, brillant élève, termine des études de philosophie et de théologie. Il fait bientôt la connaissance d'un nouvel élève, tout aussi brillant, Erik Lehnsherr. Erik, qui a survécu à la déportation grâce à ses pouvoirs de mutant, devient très vite l'ami de Charles, qui développe lui aussi des aptitudes exceptionnelles. Repérés par la CIA, les deux hommes sont chargés de créer une école qui permettra de recruter de jeunes mutants et d'empêcher la destruction du monde. Alors que leurs efforts portent leurs fruits, Sebastian Shaw, un puissant mutant, tente de monter les Etats-Unis contre l'URSS grâce à ses pouvoirs...
Après le succès de "Kick-Ass", Matthew Vaughn reprend en main la série des "X-Men" et livre un épisode au ton très personnel.