Pour retrouver sa Yo-kai Watch et sauver le monde dans lequel il vit, un jeune garçon fait un voyage dans le temps, accompagné de ses amis esprits.
Avec sa montre, Nathan a le pouvoir de voir les Yo-kai, des esprits invisibles. Mais une nuit, sa montre disparaît. Avec ses amis Whisper et Jibanyan, le garçon finit par comprendre que les Perfides, des fantômes malveillants, ont réussi à remonter le temps et changer le cours des événements.