A Miami City, les progrès du système Solid Vision donnent vie aux monstres du jeu Duel Monsters. Yuya Sakaki apprend à devenir un duelliste professionnel.
Il ne lui reste que deux victoires à remporter pour que Yuya puisse se qualifier officiellement pour le Championnat de la Ligue Arc Junior. Il semble cependant contrarié par le fait que Declan puisse également invoquer le pendule et encore pire, le faire évoluer. Pendant ce temps, Julia continue ses recherches pour retrouver le coupable qui se cache derrière les attaques et les disparitions mystérieuses des membres de l'Institut Léo et du professeur Marco...