Après s'être fait voler l'une de ses cartes les plus précieuses, Yûsei se retrouve projeté dans le passé, où il fait la connaissance de Jûdai et Yûgi.
Yûsei se fait voler l'une de ses plus précieuses cartes et se retrouve projeté dans le passé, où il rencontre Jûdai et Yûgi. Ensemble, ils vont tenter d'arrêter Paradox, un nouvel ennemi qui veut empêcher Pegasus de créer le Duel de Monstre. Mais ils auront fort à faire, La partie est loin d'être gagnée...