Zebraman se réveille d'un long sommeil, amnésique. Désormais, le Japon est soumis aux caprices de Zebra Queen, une reine odieuse et dominatrice.
Après avoir sauvé Tokyo, Zebraman est devenu un véritable héros. Mais un savant fou décide de s'emparer de ses pouvoirs. Il laisse le malheureux pour mort. Zebraman se réveille quinze ans plus tard et découvre que le Japon est en proie à une dictature, dominée par la redoutable Zebra Queen...