Sydney et Jack disent à Vaughn de se méfier de Lauren, qui serait la taupe au sein de la CIA. D'autre part, Bomani et Sark s'emparent de la boîte de Rambaldi.
Après avoir progressé dans le dossier de la boîte de Rambaldi, Sydney et Jack en sont arrivés à soupçonner Lauren d'être l'agent du Covenant infiltré au sein de la CIA. Ils font part de leurs soupçons à Vaughn, qui ne peut pas croire que son épouse soit impliquée à ce point. Pendant ce temps, à Florence, Bomani et Sark mettent enfin la main sur la précieuse boîte de Rambaldi et l'ouvrent, grâce à la clé qu'ils possèdent. De son côté, Dixon informe l'équipe qu'un serveur de Berlin a lancé un virus qui semble s'attaquer aux bâtiments médicaux, aux universités, aux laboratoires et aux hôpitaux. Seuls Sydney et Vaughn peuvent enrayer la progression de cette «cyber-attaque» avant qu'il ne soit trop tard. Mais le temps presse et le danger est grand...