Après avoir progressé dans le dossier de la boîte de Rambaldi, Sydney et Jack en sont arrivés à soupçonner Lauren d'être l'agent du Covenant infiltré au sein de la CIA. Ils font part de leurs soupçons à Vaughn, qui ne peut pas croire que son épouse soit impliquée à ce point. Pendant ce temps, à Florence, Bomani et Sark mettent enfin la main sur la précieuse boîte de Rambaldi et l'ouvrent, grâce à la clé qu'ils possèdent. De son côté, Dixon informe l'équipe qu'un serveur de Berlin a lancé un virus qui semble s'attaquer aux bâtiments médicaux, aux universités, aux laboratoires et aux hôpitaux. Seuls Sydney et Vaughn peuvent enrayer la progression de cette «cyber-attaque» avant qu'il ne soit trop tard. Mais le temps presse et le danger est grand...