Afin de retrouver l'homme qui a tué un de ses amis, un agent de la CIA, McGarrett se laisse volontairement capturer et enfermer dans une cellule très spéciale.
Le corps d'un ami de Steve, ancien compagnon d'Afghanistan et agent de la CIA, a été retrouvé échoué sur la plage. McGarrett pense que son meurtre a été déguisé en noyade et se laisse volontairement capturer par le groupe qu'il soupçonne d'être coupable. Il se retrouve enfermé dans une cellule de privation sensorielle. Pendant ce temps,Tani cherche à savoir si elle dira à McGarrett qu'elle a retrouvé l'arme du crime chez Adam...
Cette 9e saison, qui voit la série passer le cap du 200e épisode, s'ouvre par un remake du pilote de la série originale.