Les ninjas sont pourchassés mais la police n'arrive pas à les capturer. Ronin offre ses services et ils se retrouvent sur le chemin de la prison de Kryptarium.
Le quartier général des ninjas est confisqué et la police engage Ronin pour les traquer. Misako est arrêtée et affronte Nadakhan, qui a piégé Wu dans une théière. Les ninjas découvrent que Wu était à la recherche du djinn. Lloyd et Zane se dirigent vers la bibliothèque de Domu, mais sont capturés par Ronin. Kai, Nya, Cole et Jay sont également défaits. Nadakhan s'empare du Cristal du royaume et les ninjas sont emprisonnés dans la prison de Kryptarium...