Fox Mulder et Dana Scully apprennent qu'ils ne sont pas les seuls à rechercher leur fils William : le destin du monde dépend peut-être de cette quête.
Scully est admise à l'hôpital dans le coma. Son activité cérébrale est élevée. Quand elle se réveille, elle dit à Mulder que l'homme à la cigarette se cache derrière un projet insensé : répandre une épidémie infectieuse dans le monde entier. Elle lui demande de se mettre sur sa piste. Pendant ce temps, le mystérieux fumeur et Monica Reyes discutent à propos du fils de Scully et Mulder, William. Il semblerait que cet enfant soit une des clés de leur sombre projet...
Avec cette 11e saison, la dernière pour Gillian Anderson, la mythologie de la série change de cap.