Tout a commencé avec un village Gormiti de Terre apparemment dévasté par des Gormitis maléfiques. Quand les Seigneurs de la Nature se rendent sur place pour voir ce qui s'est réellement passé, ils ne trouvent rien de probant. Ce n'est qu'à ce moment-là que le Gardien découvre que cette attaque n'était qu'une diversion destinée à détourner l'attention des Seigneurs tandis que Magmion était occupé à s'attaquer à un monolithe sacré à des kilomètres de là. Les Seigneurs se précipitent pour tenter d'empêcher qu'Obscurio mène à bien son plan...