Le professeur Daniel Robertson, créateur d'un programme très sophistiqué d'intelligence artificielle, est assassiné dans son laboratoire. L'enquête est confiée au FBI car les recherches du scientifique étaient financées par le département de la Défense. Bailey, l'invention de Robertson, est le principal suspect. Amita et Charlie se chargent des aspects techniques des investigations tandis que le reste de l'équipe enquête dans l'entourage proche de la victime. L'idée que Bailey ait pu tuer son créateur enthousiasme le département de la Défense, qui voit dans ce drame l'histoire du premier robot doté d'une conscience...