En raison d'un dysfonctionnement à un aiguillage, un train transportant des matières hautement toxiques a percuté un convoi de voyageurs. Le FBI doit déterminer si cette collision est d'origine accidentelle ou s'il s'agit d'un acte terroriste. Pendant ce temps, les secours, guidés par Charlie, jouent le contre-la-montre pour sortir des décombres les quelques survivants de la catastrophe. Charlie utilise des robots pour dresser un plan détaillé des lieux de l'accident. Pendant ce temps, Amita s'attache à en élucider les causes, car les boîtes noires des trains ont été détruites dans la collision...