Alors qu'ils s'affrontent près de la forteresse de l'Ouest, les mini-ninjas et Shoko réveillent un arbre magique endormi depuis mille ans. Il s'agit de Sagami, un kami, dont l'harmonie a été déséquilibrée lors de l'agression. Les mini-ninjas doivent absolument apaiser Sagami et même s'allier avec lui pour mettre Shoko hors d'état de lui nuire...